Początków Zaklikowa szukać należy w pobliskich Zdziechowicach. We wczesnym średniowieczu istniał tu bowiem gród położony na wzniesieniu nad rzeka Karasiówką. Wokół grodu rozwinęła się osada. W 1409 roku w Zdziechowicach powołana została parafia. W ówczesnym czasie dobra zdziechowickie należały do Jana Trestki. Niebawem jednak przeszły w ręce Jana Czyżowskiego herbu Półkozic, po którym odziedziczyła je Agnieszka Czyżowska. Poprzez jej małżeństwo z Janem Zakliką herbu Topór wojewodą sandomierskim Zdziechowice znalazły się w posiadaniu rodu Zaklików. W czerwcu 1565 roku Stanisław Zaklika – kasztelan połaniecki uzyskał od króla Zygmunta Augusta przywilej lokacji miasta na gruntach zdziechowickich. Otrzymało ono nazwę od rodowego nazwiska założyciela a także herb Zaklików – Topór. Podstawą prawną powstania i rozwoju Zaklikowa było prawo magdeburskie. Miasto to ulokowane zostało na „surowym korzeniu” tzn. na niezamieszkałych leśnych terenach, których karczunek musieli przeprowadzić sami mieszkańcy. Osadnicy otrzymali szesnastoletni okres „wolnizny” co łączyło się z nieponoszeniem podatków ani żadnych innych ciężarów na rzecz króla. Przywilej lokacyjny ustanowił trzy jarmarki: na św. Krzyża, św. Katarzyny, i św. Bartłomieja. W 1590 roku król Zygmunt III Waza zezwolił na organizowanie czwartego jarmarku na śś. Piotra i Pawła. Targi cotygodniowe miały odbywać się w poniedziałki. Ekonomicznymi podstawami rozwoju miasta stał się handel i rzemiosło. W XVI wieku istniały tu już liczne cechy sukienników, krawców i kuśnierzy, którym król Zygmunt III Waza nadał przywileje sprzyjające ich rozwojowi. Miasto pełniło w ówczesnym czasie rolę lokalnego ośrodka handlowo – rzemieślniczego i utrzymywało kontakty z innymi miastami ( Sandomierzem i Lublinem ).

W XVI wieku w Zaklikowie został zbudowany kamienno – drewniany zamek. Nie dotrwał on do naszych czasów, bowiem zniszczony został podczas wojny północnej toczącej się w latach 1700 – 1721 i od tej pory stopniowo popadał w ruinę. Pozostałości zostały rozebrane na budulec a fundamenty z biegiem czasu zapadły się w ziemię.
Ostatnim właścicielem dóbr zdziechowicko – zaklikowskich był Zygmunt Zaklika, kasztelan bełzki, który zmarł bezpotomnie a jego posiadłości przeszły w ręce rodu Gniewoszów z Dalewic. Pod koniec XVI wieku Marcin Gniewosz przyjął kalwinizm. Parafię katolicką w Zdziechowicach zlikwidowano a kościół przekształcono w zbór kalwiński. Wobec zaistniałej sytuacji mieszkańcy Zaklikowa wznieśli w 1573 roku własną świątynię pw. Św. Anny. Po śmierci Marcina Gniewosza wdowa Anna Gniewoszowa nie tylko przywróciła wyznanie katolickie w swoich dobrach ale ponadto zbudowała na własny koszt nowy murowany kościół w Zaklikowie. Nowa świątynia została bogato uposażona. Fundatorka powołała do życia również szkołę parafialną.

Zaklików dość często zmieniał swoich właścicieli. Byli nimi m.in. Załuscy, Małachowscy, Puchałowie i Szlubowscy. Po rozbiorach znalazł się pod zaborem austriackim, a w latach1809- 1815 w granicach Księstwa Warszawskiego. Na mocy traktatu wiedeńskiego należał do Królestwa Polskiego. Nie ominęło Zaklikowa również żadne z narodowych powstań. Pamiątką tych wydarzeń są liczne mogiły na cmentarzach w Irenie i Zaklikowie. Represją za udział w powstaniu styczniowym była utrata praw miejskich – Zaklików zdegradowano do roli osady. Po kryzysie związanym z powstaniami koniec XIX wieku zaznaczył się wprawdzie nieznacznym ale systematycznym rozwojem. W II połowie XIX wieku ekonomiczne podstawy Zaklikowa opierały na funkcjonowaniu w okolicy: pudlingarni, licznych młynów, tartaków, cegielni oraz na handlu. Z tego też okresu pochodzi kamienny most na rzece Sannie. W 1885 roku Julian Łuczyński uruchomił pierwszą aptekę. Dwadzieścia lat później otwarto pierwszy urząd pocztowy, a w 1912 roku powstały dwie bardzo ważne dla mieszkańców Zaklikowa organizacje: Towarzystwo Ogniowe oraz Zaklikowskie Towarzystwo Oszczędnościowo- Pożyczkowe.

Nie ominęła Zaklikowa pożoga pierwszej wojny światowej. Zahamowała ona dokonujący się wówczas wprawdzie powolny ale systematyczny rozwój. Zaklikowianie brali czynny udział w walkach na froncie. Tworzyli również własne organizacje wojskowe. Jedną z nich była POW, której komendantem był Henryk Ryński. Zaklików znalazł się w części Królestwa Polskiego zajętej przez wojska austriackie, które jednak po pertraktacjach zdecydowały się opuścić miasto bez walk.
Wraz z zakończeniem wojny wznowiła w Zaklikowie działalność Straż Pożarna. W tym okresie funkcję Komendanta pełnił Władysław Słubicki. On też do czasu ustanowienia polskiej administracji państwowej faktycznie sprawował władzę w Zaklikowie.

Po zbudowaniu przez hr. Tarnowskiego elektrowni wodnej do części domów doprowadzono prąd. Zmodernizowano główne ulice układając na nich bruk i instalując oświetlenie uliczne. Wznowiło działalność Zaklikowskie Towarzystwo Pożyczkowo- Oszczędnościowe. Nastąpiło wyraźne ożywienie gospodarcze. Przejawiało się ono przede wszystkim w rozwoju rzemiosła i drobnej przedsiębiorczości. Widoczne już w znaczącym stopniu w latach trzydziestych przejawy rozwoju gospodarczego zniweczyła II wojna światowa. Przechodzący przez miasto front zniszczył dotychczasową miejską zabudowę. Krwawe ofiary poniosła również ludność. Dramatyczne wydarzenia miały miejsce w lipcu 1943 roku, kiedy to spędzono mieszkańców na rynek. Zwolniono do domów tylko kobiety, dzieci oraz pracowników administracji i zakładów produkcyjnych. Około 450 mężczyzn hitlerowcy przetransportowali do obozu w Budzyniu pod Kraśnikiem. Tam zostali poddani przesłuchaniu połączonemu z okrutnymi torturami. Odpowiedzią na hitlerowski terror był zorganizowany ruch oporu istniejący zarówno w samym Zaklikowie jak i w jego okolicach. Za przykład spektakularnych akcji niech posłuży fakt uwolnienia więźniów z zaklikowskiego aresztu oraz zniszczenie niemieckich tartaków w Zaklikowie i Lipie. W 1944 roku kroczące na zachód wojska radzieckie wyparły z miasta wojska niemieckie kończąc tym samym okres okupacji. Zaklikowianie natomiast przystąpili do odbudowy i modernizacji.